影片的背景设定在公元2029年3月，日本总理大臣遭到暗杀事件的袭击。这起恐怖袭击造成了前“501机关”的上司库露兹也成为了受害者，引发了一场前所未闻的事件。在面对这起事件时，草薙素子和她的团队迅速展开了调查。 随着调查的深入，素子开始寻找事件的幕后黑手，并召集了一支由各路能人异士组成的团队。尽管这些成员没有过多的团队合作经验，起初合作并不顺利，但他们逐渐揭示出事件的真相。 在调查中，他们发现了一种名为“fire starter”的特殊电脑病毒，而这一切似乎都与素子的诞生秘密有关。人质事件、总理大臣暗杀事件的背后，隐藏着更加复杂的阴谋。 当他们逐渐了解事件的全貌时，素子和她的团队陷入了危机之中，陷入了绝境。在这个危急时刻，素子下令：“听从自己的GHOST（幽灵）”。 这个决定标志着“攻壳机动队”的诞生，也以“STAND ALONE TEAM”（独立团队）的名义走向了前进。
