故事发生在一个令人叹为观止的高度，铃木塔（以现实中的东京晴空塔为原型，高634米）即将隆重开幕。柯南和他的伙伴们获邀参加开幕仪式，站在635米的高空，俯瞰东京的壮丽景色。然而，这一刻的宁静被一发子弹打破，一个男人被狙击手击中，案件瞬间发生，让柯南和侦探团陷入混乱和恐慌之中。

柯南迅速利用他的追踪眼镜的望远镜功能，沿着子弹的弹道发现了一个神秘的黑影。这次狙击事件离柯南们实在太近，让人难以置信。柯南和年轻的女高中生侦探世良真纯紧急出动，追踪这名狙击手。然而，他们发现这位狙击手不仅枪法高超，而且对于警察和侦探的追踪毫不在意，一度将他们甩在了身后。这场高速追逐让柯南和真纯陷入了极度的危险中。

随着故事的发展，FBI也被卷入了这起案件，犯人和狙击事件的谜团越来越扑朔迷离，而柯南和真纯的任务也愈发艰巨。最终，他们揭开了美国海军特种部队“海豹突击队”的存在，但这仅仅是一个更大混乱的开始。

与此同时，神秘的研究生冲矢昴也在背后悄然行动，他的目标与案件有关，但具体是什么呢？