故事的主线围绕着里昂·S·肯尼迪展开，他在得到有关东欧小国生物兵器的情报后，毅然决定独自执行潜入任务，以收集关键情报。这部电影的剧情时间线设置在《生化危机：恶化》之后，为观众呈现了新的故事线索。 20世纪90年代初，苏联解体带来了巨大的国际政治变革，一些原本依附于苏联的国家获得了独立地位，其中东斯拉夫共和国成为焦点。在这个国家内部，富人阶层和政府要员横行霸道，而底层民众饱受压迫和剥削，他们开始反抗政府的统治，爆发了长达十多年的内乱。这个时代充满了动荡和战火，人们开始传播关于怪物出现在战场的传闻。 为了防止生化威胁的扩散，美国方面派遣了里昂·S·肯尼迪潜入东斯拉夫进行调查。然而，在任务进行中，美国方面突然宣布取消任务，要求里昂撤离。但坚定的里昂拒绝了撤退命令，决定留下来完成任务。然而，他不幸遭到了反政府武装分子的绑架，陷入了生死未卜的危险境地。
